政府集中采购机构是各级政府依据《政府采购法》的规定成立的负责本级政府机关、事业单位和社会团体纳入集中采购目录项目采购的非营利性事业单位。对于这一新设机构人们还不很了解，甚至在理解上有所偏差，如有人将其简单地等同于一般的中介代理机构。实际上，集中采购机构与社会中介代理机构是有严格区别的。对两者进行比较，进而对政府集中采购机构的性质和职能作出准确定位，对今后集中采购工作的顺利开展具有重要的意义。
第一， 政府集中采购机构与社会中介代理机构的机构属性有所不同。
政府集中采购机构严格讲应属于准行政组织，也就是通常所说的行政性事业单位。而社会中介代理机构是经国家工商行政管理部门登记注册的营利性组织，并不具有准行政组织的属性。
另外，从法律基础的角度来考察，政府集中采购机构与社会中介代理机构的机构属性也有很大差别。我国的法人包括企业法人、事业法人、社团法人和政府法人四大类。每一类法人的设立、运行、管理都是依据不同的法律基础。行政性事业单位属于事业法人，绝大多数社会中介代理机构属于企业法人，两者的法律基础完全不同，因而不能等同视之。
第二， 政府集中采购机构与社会中介代理机构所行使的职能不同。
集中采购机构作为一种准行政组织，与一般的事业单位最大的区别在于它有一定的行政职能，一般事业单位行使的主要是专业化的社会服务职能。《政府采购法》规定，采购人采购纳入集中采购目录的政府采购项目，必须交由集中采购机构组织采购，这是带有法律强制性的，采购人对此没有选择权，不能擅自将纳入集中采购目录的项目委托社会中介机构办理。而社会中介代理机构与采购人之间只是一种单纯的民事主体关系，委托代理行为的展开完全是建立在平等自愿基础上的，并通过签订的民事合同来约定双方的权利和义务。
此外，集中采购机构的集中采购活动不仅包括组织招投标，还包括前期采购需求计划的汇总整合、采购方案的统一制定以及后期采购合同的督促履行、采购效益的评估分析等一系列环节。这些职能是一个有机的整体，环环紧扣，为充分发挥集中采购的规模效应提供了有力的保障。而社会中介代理机构不具备这样的职能，它只需在委托人的授权范围内，以代理人的身份办理招标业务，通过合法规范的程序为其采购到所需的货物、服务或工程。
第三， 政府集中采购机构与社会中介代理机构所发挥的作用不同。
政府集中采购是深化财政支出体制改革的重要组成部分，它能够有效规范采购人的行为，提高财政资金的使用效益，有效地实现国家宏观调控目标。社会中介代理机构面向的是社会上各类市场主体，除了公共部门以外，更多的是为企业提供中介代理服务，其行为准则主要是参与市场活动，遵守市场活动的基本规则。
集中采购的优势还体现在规模效应上。政府集中采购机构将各部门上报的政府采购需求计划汇总，分门别类地进行整合，制定统一的政府采购方案，化分散零星采购为集中批量采购，减少了采购数量，降低了采购成本，在很大程度上提高了财政资金的使用效益，这也是一般的社会中介代理机构所不具备的。
实行政府集中采购还可以引导诚实信用、公开透明和公平竞争的社会商业行为。政府集中采购制度是一把“双刃剑”，它在为供应商的发展带来无限商机的同时，也对它们提出了更高的要求和新的挑战。政府消费市场的巨大需求可以产生强烈的市场竞争导向作用，它可以使真正具有实力，能够提供优质产品、工程和服务的供应商在竞争中脱颖而出。同时，我国加入世界贸易组织之后，打破政府采购非关税壁垒是必然趋势。集中采购机构可通过规范的招标活动、科学的管理方式和与国际接轨的运行模式，引导国内供应商逐渐了解并适应国际市场的游戏规则，充分发挥自身优势，在与国际知名企业竞争的同时，不断推动企业的自我发展。
实行集中采购制度有助于政府机关的廉政建设。集中采购机构的设立使监督对象相对集中，可以通过公开透明的采购程序、严格有效的监督管理机制和约束制衡机制，有效地规范采购行为，抑制政府采购活动中腐败现象的发生。虽然社会中介代理机构对规范市场行为也有一定的作用，但它对抑制政府内部的权力寻租很难发挥集中采购机构那样的作用。
第四，政府集中采购机构与社会中介代理机构所从事活动的目的不同。
《政府采购法》规定，集中采购机构是非营利性事业法人，根据采购人的委托办理采购事宜。因此，集中采购机构属于为党政机关各部门办理采购工作的服务性机构。同时，行政性事业单位的性质也决定了集中采购机构属于公益性组织，不以营利为目标，它的运行和从事的集中采购活动全部依靠国家财政来维持。社会中介代理机构作为一个市场经济条件下的理性经济人，追求利润最大化是其根本目标，它很难像政府集中采购机构那样，较好地做到经济效益和社会效益兼顾。
